Почему в азбуке хирагана указано больше 46 слогов?

Answer 1

Потому что многие знаки хираганы могут читацо по-разному в зависимости от того, какой значёк пишецо рядом с хираганкой. Подробно есть в вики, там эти знаки внесены в таблицу. Это позволяет получить, например, боле звонкие зввуки.

Answer 2

У меня ваша ссылка не открывается. Скоре всего одно из двух: либо вы ошиблись при подсчёте либо там там указано ещё два устаревших знака в колонке wa, т. е. итого 48. Сейчас этих знаков действительно 46.