в чем отличается атом от иона

Answer 1

Ничем не отличается. Разве что моментом первого обнаружения и местом, где УСТОЙЧИВО существует "ион", или "атом", открытый раньше в другом месте. Где он был устойчив именно в таком виде.
Это очередная условная абстракция. Типа плюса, или полюса.

Answer 2

Ион - кусок молекулы (состоящий из одного атома или больше) , который не является электрически нейтральным, электронов там обязательно перебор или недобор - т. е. заряд электронов не компенсирует заряд всех ядер.
Атом может быть электрически нейтральным, а может и не быть (т. е. атом может быть ионом) .