В каких случаях глагол to be ставится в конце предложения?

Answer 1

Нет, так сказать нельзя. В косвенной речи используется прямой порядок слов, т. к. это уже не вопрос, а его пересказ. Почитайте тему "Вопросы в косвенной речи".

Answer 2

Когда-то я, твердо усвоив, что при построении вопроса смысловой глагол to be переходит ближе к началу предложения, на автомате, не задумываясь, стал делать то же самое в косвенном вопросе (я тогда эти типы вопросов и не различал, по сути дела) :
My son is in the garden.
Where is my son?
Do you know where is my son?

Так и привык. И только много позже, занявшись грамматикой боле серьезно, вынужден был переучиваться. К сожалению, для меня правильный вариант до сих пор звучит несколько неудобно:
Do you know where my son is?

Answer 3

Do you know what that stuff is?
I just want to know where my son is
это так называемый Косвенный вопрос ( в отличие от прямого вопроса) . В таком вопросе порядок слов не такой, как в обычном вопросе, т е он прямой - подлежаще, сказуемое и т д