Какой именно орган дает указания организму на включение защитной функции?

Answer 1

Это не орган, это рефлекс. Для каждого вида угрозы - своя рефлекторная цепь.
Находятся эти цепи - в-основном, в спинном мозгу. Наиболе молодые и разветвленные - в большом нервном узле на верхушке спинного мозга. Вокруг этого узла эволюционно и разрастался остальной головной мозг.

Answer 2

Перво-наперво кожа. Это самый основной орган защиты организма от внешней среды.
Железы внутренней, внешней и смешанной секреции. Они регулируют состояние всех остальных органов. Например, с помощью некоторых гормонов в экстремальных условиях организм выклдывает все свои резервы, лишь бы сохранить гомеостаз, защититься.
Также скелет. Он защищает внутренние органы. Впрочем, это общеизвестно.
Нервная система осуществляет рефлексы, к примеру, безусловные, которые помогают организму быстро среагировать на изменившиеся условия. Условные рефлексы помогают среагировать на некоторые условия, которые были "изучены" организмом ране.