Может ли мутация с рецессивным (недоминантным) геном прочно войти в популяцию?

Answer 1

Почему нет? Вот мутация устойчивости к ВИЧ возникла несколько тысяч лет назад, когда ВИЧ еще не было. А распространилась по Европе и достигла частоты 16% около 700 лет назад. ВИЧ тогда еще тоже не было. А мутации, определяющие устойчивость к современным антибиотикам были у микрорганизмов, как минимум 30000 лет назад.

Answer 2

а какая разница для гена доминантный он или нет? Передача потомкам происходит одинаково.
 
фиолетовые глаза - это фантазия, но есть же голубые! Чистой воды рецессив. Жить никак не мешает - а потому отбором не отсеивается. А учитывая что многие особи человека находят голубые глаза привлекательными - очень даже хорошо распространяется.