Почему тут has, а не had используется?

Answer 1

Глагол to rain в форме it is raining переводится на русский как "идёт дождь", а буквально было бы "дождит", хотя так не говорят.
В данном предложении время Perfect Continuous, потому что длительное действие закончилось к настоящему моменту.

Answer 2

Потому что это время (Present Perfect Continuous) употребляется и в ситуациях, когда событие уже закончилось, если оно повлияло на настоящий момент. Тут влияние очевидно - холодно из-за того, что лил дождь продолжительное время.
Had здесь вобще никак не подходит - это предпрошедше время. Здесь нет события в прошлом, перед которым шёл дождь.