Подскажите пожалуйста какой вариант правильный (англ. ) и почему? Спасибо

Answer 1

Второй, потому что имется в виду "паром отошел от гавани ДО ТОГО, как она там оказалась".
Чтобы было понятне, можно перефразировать так:
The ferry had left before she reached the harbour.
Т. е. первое действие предшествует второму. Т. е. первое действие стоит в Past Perfect, а второе - в Past Simple.

Answer 2

1 вариант, past perfect tense. Есть временной маркер by the ime (действие к определенному моменту)
В данном предложении подчеркивается, что одно действие закончилось до другого действия.