Из-за чего это появляется?

Answer 1

Стандартная проверка диска.
Дай доработать до конца, иначе при следующей загрузке все равно вылезет. Отключить можно, но не нужно — оно только на пользу.
Возникает по многим причинам, но чаще всего — результат неправильного выключения.

Если запускается при каждом включении компьютера без видимых на то причин — повод задуматься о замене жесткого диска, но тут надо смотреть по ситуации и логам проверки.

Answer 2

Checking file system on C:
The type of the file system is NTFS
это программа проверяет, был ли поврежден винчестер, запусти один раз проверку диска на ошибки сам (правой кнопкой на диск - свойства - сервис - проверка диска и это системное собщение перестанет появляться

Answer 3

Глубокая проверка целостности данных на диске, обычно вызывается аварийным отключением
может быть вызвана периодически (без причины) этим грешат виндовзы 7 и выше, после установки этих виндов нужно заходить в панель управления и отключать плановые проверки (кстати они там заныканы, так что придется еще их откапывать)
Зачем отключать - эта проверка занимает очень много времени.