Связь молекул между собой и энтропия это одно и то же?

Какая ещё "связь молекул"? Это правильно называется "силы межмолекулярного взаимодействия".

А энтропия - это совсем иная песня. Энтропия это не только о молекулах, а о чём угодно. Даже об информации. Энтропия - это мера беспорядка. А порядок - мера симметрии и сответствия смыслу.