как объяснить почему пишется Байкал, а не Байкалу: по озеру Байкал проводятся теплоходные экскурсии.

Answer 1

Если в предложении просто название города, улицы, реки - то название склоняется.
Если перед названием стоит обозначение населенного пункта, то само название не склоняется.
Пример Мы были на Оке. Мы были на реке Ока
 
Хотя есть исключения из правил. На реке Волге (склоняется)
В городе Москве (почему-то в последне время стали склонять слово Москва)