Почему в Эсперанто нету буквы ы?

Answer 1

Потому что это язык на основе испанского. В нем тоже нет такой буквы. А с какой стати все буквы во всех языках должны совпадать? В русском тоже нет буквы "w" - и ничего, обходимся как-то.

Answer 2

Потому что в эсперанто латинский алфавит.
А звуки используются те, которые встречаются в большинстве языков и легки для большинства людей.
Ы - звук редкий, есть только в русском, белорусском и польском. Ещё в некоторых языках есть похожие звуки, но отличающиеся.