Внутри атома есть отрицательная энергия ?

Answer 1

Все относительно.
Энергия электрона в атоме считается отрицательной относительно уровня, при котором электрон становится свободным. А уже у свободного электрона энергию можно считать положительной.

Answer 2

Энергия определена с точностью до произвольного выбора нуля. Так что любая энергия может быть как положительной так и отрицательной, смотря как ноль выбрать.