Почему водород при низкой температуре начинает скапливаться в комок, если вокруг протона электрон и они отталкиваются ?

Answer 1

Да и при обычной комнатной температуре все атомы водорода объединяются в молекулы водорода.
При этом расстояния между протонами и сответствующими им электронами практически не меняется. меняется расстояние между нейтрально заряженными атомами.

Answer 2

Все атомы и молекулы представляют себя маленькими магнитиками с той, или иной силой. Температура забрасывает эти магнитики, а при низкой температуре они собираются в комочки. Нечто подобное можно увидеть, если выковыривать из магнитных шахмат магнитики.