Почему масса отдельных нуклонов больше массы ядра?

Answer 1

Потому что в ядре нет отдельных нуклонов. Там есть кварки, из которых столько нуклонов не получится, один кварк может приходиться на два нуклона.
.
А если это школа, то читай про дефект масс.

Answer 2

При образовании ядра, ядерные силы разгоняют частицы до огромных ускорений и из него излучаются g-кванты, уносящие часть прежней массы. Энергия связи атомных ядер очень велика. Например, образование 4 граммов гелия сопровождается выделением энергии, равной сгоранию 2 вагонов каменного угля. Радиус действия ядерных сил приблизи­тельно равен одной тысячемиллиардной доле сантиметра (10^-12 сантиметра) . Малый радиус действия ядерных сил объясняется тем, что они обеспечиваются пи-мезонами — тяжелыми частицами.