Question

I had run out of coffee - как это предложение понять? Причем здесь "run"? "я убежал из кофе" или как?

Answer 1

Это - английский. Тут отдельные слова ничего не значат. Надо переводить фразу целиком. В вашем случае "У меня закончился кофе".

При этом:

I had to run out. Мне надо отлучиться.

I had to run out on you. Я должен тебя оставить.

I had run out of money. У меня кончились деньги.

I had to run out before closes. Мне надо закончить до закрытия.
=
Run - сбежать. То есть, буквально: "Я имел кофе, который убежал".