Почему в Present Perfect предлог "в" используется через "to"

Answer 1

Потому что "в"/"in" означает находиться в каком-то месте, а "to" - перемещаться в какое-то место, это предлог направления. В Perfect "to" использется, когда съездил в этом направлении и уже уехал оттуда. В Perfect, кстати, бывает и in.
I have been to Moscow. - Я побывал в Москве. (съездил уже в этом направлении)
I have been in Moscow for three months. - Я нахожусь в Москве три месяца. (я ещё в ней)