Подключение конденсаторов к микроконтроллеру (STM32. )

Answer 1

Да, автор схемы имет в виду параллельное включение к-ров.
Но такая небольшая разница в их емкости - не самое умное решение. Если это норм. работает, то можно оставить только к-р большей емкости.

В цепях развязки можно сильно изменять емкости, особенно в бОльшую сторону.

Answer 2

Вероятне всего, имется в виду, что это два конденсатора разных типов, с разными свойствами.
Например 1 мкф - электролитический, или подобный, сглаживает низкие частоты.
А 100 нФ - керамический, для сглаживания высоких частот.

Скоре всего там, в даташите, должно быть примечание на этот счет.

PS
И да, насчет расстояний. Оба должны быть как можно ближе к выводам, но электролит можно ставить на некотором расстоянии, а керамический надо прямо впрытык к выводам.
И разводка проводов очень важна, есть определенные правила, при неправильной разводке проводников, будут или помехи, или даже паразитное возбуждение.