почему в одном случае резистор стоит у минуса а во втором у плюса?

Answer 1

разница в удобстве монтажа, иногда легче применять 1-й вариант, и провод для катода подать не из платы, а из ближайшего корпуса (например, если светодиод стоит на лицевой панели и тд)

Answer 2

В первом случае подаётся положительный импульс на светодиод,
постоянное напряжение не подано.
Во втором случае подано пост. напряжение, а светодиод
открывается приходящим отрицательным импульсом.

Answer 3

Выход контроллера программно можно подтянуть, это к +, это а)
И можно стянуть, это к -, это уже вариант б)
Это "обычно" делается для 7 сегментных индикаторов, с разницей общий анод или катод.