3Cu - это значит три молекулы меди? или 3 атома?

Answer 1

Металл не состоит из молекул, его кусок - одна гигантская малекула, но так как число атомов в молекуле может быть произвольных - то цифру принято ставить перед и считать каждый атом как молекулу.

Answer 2

Цифра перед элементом означает множитель. Т. е, три молекулы. Это остается справедливым даже в случае, когда "молекулы" состоят всего из одного атома каждая.
Если бы тройка стояла после элемента, то обще количество вещества осталось бы таким же, но это означало бы, что три атома сгруппированы в молекулу. А так - они блуждают сами по себе, каждый самостоятельно.