Когда остров, то говорят "На". Например, поехали на Кубу, на Гаити, на Ибицу, на Кипр. Тогда почему Япония,

Answer 1

Потому что нет такого острова "Япония". А вот "в Японию, на Хоккайдо" - сколько угодно.

Answer 2

Япония - не остров, а группа островов с разными названиями. В остальных случаях название островов совпадают с названиями государств. По-моему так.

Answer 3

Т. к. Куба, Гаити, Ибица и Кипр - это не только название стран, но и островов на которых они располагаются. Поэтому "на". А Япония - это целый архипелаг островов.
 
_
ps Великобритания и Новая зеландия находятся также на нескольких островах.
 
Великобритания. Государство располагается на Британских островах (остров Великобритания и северо-восточная часть острова Ирландия, большое количество мелких островов и архипелагов, Нормандские острова, Оркнейские острова, Шетландские острова) , омывается Атлантическим океаном и Северным морем, а юго-восточное побережье располагается всего в 35 км от северного побережья Франции, которые разделены Ла-Маншем.
 
Королевство Новой Зеландии включает в себя независимые в государственном управлении, но свободно ассоциированные с Новой Зеландией островные государства Острова Кука, Ниуэ, а также несамоуправляющуюся територию Токелау и антарктическую Територию Росса.
 
Название, данное стране маори до появления здесь первых европейцев, не сохранилось, но известно, что остров Северный маори именовали Те Ика-а-Мауи (маори Te Ika-a-Mui) , что может быть переведено как «рыба, принадлежащая Мауи». Мауи — полубог в легендах маори, поймавший в океане огромную рыбу, превратившуюся после этого в остров. Остров Южный имел два распространённых названия: Те Ваи Паунаму (маори Te Wai Pounamu) и Те Вака-а-Мауи (маори Te Waka a Mui) . Первое название может быть переведено как «нефритовая вода», а второе как «лодка, принадлежащая Мауи», уже упомянутому выше полубогу легенд маори. До начала XX века остров Северный часто именовался коренными жителями Аотеароа (Aotearoa (инф. ) что может быть переведено, как «страна длинного белого облака» (ao = облако, tea = белый, roa = длинный) , и поздне именно это название стало общепринятым названием в языке маори для всей страны.