Объясните почему Past Perfect?

Answer 1

Тут все правильно. Объясняю подробно.
Очевидно, смысл этого предложения таков:
Я раньше думал, что вы знакомы (думал так до тех пор, пока не обнаружил, что не знакомы) .
Анализируем:
"раньше думал. " - речь идет о действии, которое было в прошлом (причем длилось в течение какого-то времени) ДО того момента (тоже в прошлом, но позже) , когда выяснилось, что они не знакомы.
Но это полностью сответствует временной форме Past Perfect Continuous (см. грамм. правила) .
Но поскольку глагол to think в Continuous не применяется, следует PPC заменить на PP, о чем и говорит замечание, напечатанное ниже.

Answer 2

Предложeние содержит ошибку. Правильно сказать так:

"I thought that you had known each other. "

Они были знакомы до того, как объект это подумал. Поэтому нужно применить прошедше законченное время.

Answer 3

Где вы берете эту выдающуюся хрень, где инструкция еще боле абсурдна, чем сам пример? Если они сами не объясняют, почему, зачем они нужны?
Вам перепечатали случаи употребления PP, вам понравилось, ну и применяйте. Только зачем. так никто не говорит)