когда используется верхние чтение, а когда нижние в японском языке?

Answer 1

Что? вы имете в виду чтение йотированных слогов? Когда они маленькие - как в русском языке после согласных, когда крупные - то . обычно йотированно. (То есть ТИ + йо = тё, но ТИ+ЙО=тийо) .
Но если шрифт мелкий - то нижние пишут как обычные, тогда по опыту только догадываться.

Answer 2

И онных и кунных чтений может быть довольно много.
Кун обычно перед окуриганой. Он обычно в научных и технических терминах.
Однако же в японском как в английском: на правила чтения полагаться не стоит, нужно просто учить слова с чтением и правописанием.