В каких конкретных случаях глагол to be ставиться "в чистом виде"?

Answer 1

Когда нужен инфинитив в чистом виде (с to) . Например, после определённых глаголов (want to be, like to be)
Когда нужен инфинитив, но без to. Например, после модальных глаголов или let: can be, may be, let it be)
В будущем - will be или будущем в прошедшем - would be временах (временных формах) .
Это навскидку, может что ещё забыла.
Можно ещё сказать так: be в чистом виде употребляется всегда, кроме случаев, когда он является сказуемым в личной форме в настоящем и прошедшем времени.

Во втором примере (to be taken) be является частью пассивного залога: be+V3 (третья форма глагола, она же причастие второго вида) . Инфинитив используется, т. к. предложение построено в Complex Object.