У военных - корабль, а у гражданских - судно?

Answer 1

Судно может быть как гражданским, так и военным. Но никогда корабль не будет гражданским, на корабле находится воружение, на гражданском судне его нет.
капитан гражданского судна
Командир (Капитан ранг) военного корабля

Answer 2

У гражданских капитан корабля, а не капитан судна. Гражданский корабль выходя в море является частичкой государства и капитан на нем Бог и Царь! И ни кто не знает есть там воружение или нет. Обычно у капитана в сейфе пара пистолетов лежит.