В чем разница между Рубкой и Мостиком на корабле?

Answer 1

Да ни в чем. Происхождение разное - изначально совершенно разные вещи обозначали. Теперь подразумевается одно и то же место (не путать с радиорубкой! ) .
Вношу уточнение: технически, отличие все же есть: "Всю палубу ходовой рубки называют ходовым мостиком". Т. е. стены под мостиком не подразумеваются .

Answer 2

Рубка- всякого рода закрытые помещения на верхней или на вышележащих палубах, не доходящие до бортов судна.
Мостик — ограждённая часть палубы верхних ярусов надстроек и рубок или отдельная платформа.
Источник : Морской Словарь, М, Военное издательство МО СССР, 1959
 Морской Энциклопедический Словарь, Л-д, «Судостроение», 1991