Происхождение и родство слов yes, ja, si, да и слов no, nein, нет

Answer 1

от общего индоевропейского праязыка пошли


происхождение индоевропейское, дальше дивергенция.
si в романских (кроме румынского, где da - из славянского адстрата) - от латинского sic (так) .
o - от латинского aut (тоже "или"; дифтонг au стягивается в "о", конечное t замолкает, это ещё на этапе народной латыни могло произойти) .
no/non в романских - от латинского non, тут совсем просто.

всякие oder'ы, nein'ы и ja - от сответствующих германских корней.