Почему "is he AT the museum? " ведь это же конкретное место с четырьмя стенами и все такое, а не встреча какая-нибудь.

Answer 1

at - в общем в музе, не отображает физическое присутствие в месте, а вот уже in - это физическое присутствие в музе.
В русском языке такого отображения нет. В музе можно находится как в самом музе, так и вобще в музе, например возле него на територии музея.