Из чего состоит темная материя и энергия? Почему она сталкивается с ядрами атомов?

Answer 1

Тёмная материя (устаревший неудачный термин, лучше небарионное вещество) - вид вещества, очень слабо взаимодействующий с привычным нам (барионным) веществом.
Природа его пока неизвестна, хотя кое-какие догадки имеются и начались эксперименты по вылавливанию его в земных условиях.
Тёмная энергия - рабоче условное название феномена, ответственного за ускоренное расширение Вселенной. Тут пока действительно совсем темно.
А вот про столкновения с ядрами вы что-то напутали.