Существуют ли в природе вобще программы для моделирования поведения атомов разных веществ и наносистем?

Answer 1

Какого именно поведения?
Приложения для расчета фолдинга белков, например, – это распределенные вычисления с огромной базой работающих машин (поболе, чем самые крупные суперкомпьютеры) .
Полагаю, для изучения поведения отдельных атомов тоже есть что-то подобное. Поинтересуйтесь системой BOINC. Там сейчас очень много проектов, связанных с обработкой межмолекулярных взаимодействий, так как даже одного "суперкомпьютера" для этого не хватит.

Answer 2

Да есть, есть программы при помощи которых моделируют результат взрыва атомной бомбы, такие программы требуют огромных вычислительных ресурсов ( нужны суперкомпьютеры) !

Answer 3

Разумется, есть такие модели. Ну, например, теория Эйнштейна, которая оперирует вероятностями переходов атомов с уровня на уровень. Боле подробно можете посмотреть здесь: в строчке "поиск" забейте "Вынужденное излучение. А другие планируются или уже начали разрабатывать