Where you have been переводится как где ты находишься?

Answer 1

. где ты был (а) (вобще когда-либо в этой жизни до настоящего момента) - как придаточное предложение в составе сложноподчиненного.
 
если бы это был вопрос, то порядок слов был бы иным ("Where HAVE you been? ")

Answer 2

Если бы было had, также переводилось бы "где ты был", но это было бы past perfect, которое означает, что действие произошло еще до того момента в прошлом, о котором ведется повествование.
Просто здесь несответствие времен в английском и русском языках. Английский Present Perfect -это настояще время, но по смыслу оно переводится на русский язык прошедшим временем.