По поводу выражения Шарашкина контора. Кого в то время называли шарашками, мелких чинуш, что ли?

Answer 1

Шарага - закрытое научно-конструкторское заведение тюремного типа, в котором арестованные учёные, инженеры, конструкторы работали над решением секретных и неотложных для государства проблем (в СССР в 30-е — 50-е гг. ) .
Короче говоря, институт в тюрьме. Умы работали над наукой и там.

Answer 2

разговорное название НИИ и КБ тюремного типа, подчинённых НКВД/МВД СССР, в которых работали осуждённые учёные, инженеры и техники.
Название изначально имело смысл «несолидное, не вызывающе доверия учреждение, предприятие, организация»