Каждую секцию конденсатора нужно отдельно подключать на вход и на выход ?

Answer 1

Тут не указано что они связаны. Судя по всему, это отдельные КПЕ
Кондеры тут нужны с отдельными секциями, изолированными от корпуса, т. к все их обкладки на горячих точках схемы.

Answer 2

Пойдёт и двухсекционный (ротор подключаешь к катушке, ебстественно, корпус кондёра должен быть от массы изолирован) . А учитывая, что это простой фильтр (да ещё и по корявой схеме выполненный) , единственное, что нужно - диэлектрическая ручка.

Про то что там короткозамкнутые витки, что недопустимо, выше уже отписались.