Вот есть молекулярные (химические) и атомные реакции. А на боле глубоком уровне? Есть например кварковые реакции?

Question

И какие частицы неделимые, самые фундаментальные?

Answer 1

Не атомные, а ядерные реакции. Атомные - это химия. А элементарне ядерных реакций реакции элементарных частиц между собой.
Пока что неделимыми считаются фундаментальные частицы Стандартной модели элементарных частиц, их немного больше тридцати. Для сведения к меньшему числу пока есть только гипотезы, для проверки которых нехватает энергии ускорителей.