Как определили что, допустим, в 100 грамм батона 264 ккал? А сколько организм потратит чтобы переработать 100 г батона?

Answer 1

Обычно это делают при помощи прибора под названием калориметр - сжигают этот батон в калориметре, и смотрят, насколько увеличилась температура. Дале по формуле считают, сколько надо было потратить калорий, чтобы температура увеличилась на столько градусов, на сколько увеличилась.
Ну или тупо вычисляют как сумма калорийностей ингридиентов.

Answer 2

Насколько я знаю, расчет тупо ФИЗИЧЕСКИЙ (примерно как Андрей Осинцев описал) , определяющий обще количество калорий, которое можно в принципе получить из этого батона, и это больше того количества, которое извлечет из 100 гр. батона ваш организм в реальности.