Почему глагол стоять хоть и оканчивается на -ять, но 2 спряжения?

Answer 1

Это не исключение. Спряжение в русском языке определяется не по инфинитиву, а по гласной после корня при спряжении глагола. У 1-го спряжения е/у, в 2-ого - и/а (я) . СтоИшь, стоИт, стоЯт и пр. - поэтому 2-е спряжение.

То, что в инфинитиве стоит Я, это связано с с тем, что ей предшествует гласная О, это другое правило.