Как правильно спрашивать:

Answer 1

Оба варианта являются коректными вопросами, но если вы хотите подчеркнуть, что спрашиваете о том, когда человек последний раз был в Москве, то правильней использовать первый вариант: Ты давно НЕ был в Москве? Если же вы просто интересуетесь, был ли человек в Москве, то можно использовать второй вариант: Ты давно был в Москве?