Если вычистить все папки Temp, то я не нанесу вред системе?

Answer 1

Система имет защиту, которая называется "защита от дурака". Удаляй не бойся, чего нельзя не удалишь если и сильно захочешь.

Answer 2

Не нанесете вреда. Но советую воспользоваться бесплатной утилитой CCleaner. Скачать можно тут -
Она почистит не только временные файлы, но и рестр и кэш браузера и многое другое. После чистки проведите дефрагментацию и компьютер будет работать как швейцарские часы. У меня без единой ошибки проработала Windows 7 2 года. Снес только по причине перехода на Windows 8.