Как спросить: Сколько времени ты учишь английский?

Answer 1

По грамотному только так как у вас в ваших вариантах, хотя бы потому, что в этом вопросе подразумевается частичка уже - Сколько (по времени) ты (уже) учишь (ся) ? То есть - Склько ты уже проучил (ся) - из этого (по грамотному) вытекает perfect

Answer 2

Можно. Но тогда смысл вопроса слегка смещается. How long did you learn English? означает Как долго вы учили английский? (т. е. когда-то учили, но теперь уже не учите)