Почему пишется секс, а читается сЭкс, почему флешка, читается как флэшка?

Answer 1

У буквы э сложная судьба
Дело в том, что слов, начинающихся с буквы э - хоть лопатой греби
А вот когда э посередине (например поэзия, фаэтон, сэр) или в конце слова (например апноэ, алоэ) - довольно редкий случай
Несправедливо
При том, что чётких правил того, где и когда должна писаться э нет

Answer 2

В европейских (латинском) алфавитах есть буква E, читается как наша Э.
У нас же есть Е и Э, обозначающие совсем разные звуки.
Вероятно оттуда и пошло.
Например слово Темп пишется как в Европейских языках (визуально) ,
и читается (фонетически) как Тэмп тоже как в европейских.
Коль латинская E читается как наша Э, то логичне было бы ассоциировать и её с нашей Э, а не с нашей Е (хотя графически наша Е похожа на латинскую Е) .

Answer 3

Вы реально произносите [Э] в словах секс и флешка? !
Может, еще и [крЭм] говорите? !

У вас речевые ошибки - нарушения орфоэпических норм.
Все эти слова произносятся с мягким согласным перед Э, т. к. достаточно освоены русским языком, подчинены его законам.