Если корабль ходит, а плавает только г-о, тогда почему есть капитаны дальнего плавания?

Answer 1

Потому что корабль или судно не просто ходят, а ходят в плавание. Дальне или каботажное.
Капитаны тоже ходить могут по-разному. Могут в магазин, могут на горшок. Могут пешкой или конем, если в шахматы. А еще капитаны ходят в плавание.
А плавает не только упомянутый Вами продукт, а еще салаги и пассажиры.

Answer 2

У моряков как-то не принято говорить "плавает". Они могут даже с обидой это слово воспринять. Они и сами о своей работе говорят "ходить в море" и от других хотят услышать "ходить", а не "плавать".