Question

В чем разница в защите пилотируемых и беспилотных космических аппаратов?

Answer 1

Тут надо понять, о какой именно "защите" идет речь, от каких факторов.
Для возвращаемых капсул космических кораблей актуальна тепловая защита, ведь при торможении об атмосферу они разогреваются до боле чем 1500 градусов
Для орбитальных обитаемых модулей, например, МКС, актуальна микрометеоритная зашита. За время эксплуатации МКС микрометеориты и космический мусор оставили немало отметин.
Для беспилотных космических аппаратов, особенно работающих за пределами магнитного поля Земли, актуальна защита к космической радиации - как солнечным вспышкам, так и галактическому излучению (тяжелым высокоэнергетическим частицам)

Answer 2

Если на космическом аппарате едет живая тушка и если это происходит вне магнитосферы Земли, то надо делать очень мощную защиту от космических излучений и солнечного ветра (иначе тушка подохнет от лучевой болезни) .
С беспилотными же аппаратами достаточно защитить только отдельные чувствительные к радиации чипы (да и то если сделать их по грубому тех. процессу, они сами по себе будут малочувствительны к радиации) .