Чем отличаются эти вопросы на английском?

Question

Where are you? И ниже
 Are you where?
Вот в одном случае "где ты? " и во втором также.
Только первый внесен в список специальных вопросов.

Answer 1

Похоже что во втором вопросе - опечатка.
По иде, "Are you THERE? " - Ты (вы) там?

Может еще употребляться в значении "ты (вы) слушаешь (-те) ? ", если кто-то отвлекается во время разговора.

Answer 2

Where are you? - специальный вопрос. Где ты?
Are you "WHERE"? - общий вопрос. Ты "ГДЕ"?
Второй вопрос идёт как переспрос: видимо, ответ вопрошающий уже получил, но либо не расслышал, либо, как говорится, не поверил своим ушам, удивился (можно перевести при помощи повтора вопросительного местоимения - Где? Где? )
- Где ты?
- В библиотеке?
- Ты ГДЕ? (Где? Где? )

- Where are you?
- I'm in the library.
- You are WHERE?