Правописание "ы", "и" после "ц". Откуда взялись исключения?

Question

Почему "цыплёнок", "цыган" и "цыц" попали в число исключений, где вместо "и" пишут "ы". И почему, наоборот, в слове "музицировать" вместо "ы" пишут "и"?

Answer 1

Написание ци в корне – историческое явление. Слова с таким буквосочетанием являются обычно иноязычными. После ц пишется и в сответствии с мягким или полумягким произношением тех звуков, которые передаются в русском языке буквой ц, например: цивилизация из лат. сivilis, цитата – лат. citatum. В русском же языке буква ц передает твердый звук, после которого может произноситься только [ы], но не [и]. Поскольку заимствованных слов с ци в корне подавляюще большинство, то русские слова с цы в корне (цыган, на цыпочках, цыпленок, цыкнуть, цыц) попали в исключения.
 
Парадокс! Но в русской орфографии исключениями стали собственно русские слова.

Answer 2

Потому что эти слова были за пределами официальной русской орфографии, в которой звук "ц" был мягким многие столетия. А когда их стало возможно писать, этот звук уже отвердел.
А послекорневое отвердение началось гораздо раньше. Что и закрепилось в орфографии.
Обрати внимание: в исключительно корневые исключения внесены слова, крайне редко употребляющиеся в речи.